Возможные пути прописи wine:
- ~/.wine - собственно наша маленькая, но гордая «винда»
- ~/.config/menus/applications-merged - описание структуры каталогов и ярлыков меню wine
~/.local/share/applications - файловые ассоциации и сами ярлыки wine
~/.local/share/icons - значки приложений, вытащенные из EXE и DLL. На них ссылаются файлы *.desktop из 3-го пункта
~/.local/share/desktop-directories - похоже на описание каталогов wine в меню