Выполняем следующее:
cd /root
mkdir desktop
kate .config/user-dirs.dir
Находим строчку
XDG_DESKTOP_DIR="$HOME/"
и меняем на нужную нам, например:
XDG_DESKTOP_DIR="$HOME/desktop/"
Что мы сделали? Мы поменяли директорию рабочего стола для пользователя root с /root на /root/desktop. По этому примеру можно изменить для любого юзера на любую другую диру
Сохраняем файл и перезапускаем иксы. Легко делается с помощью:
Ctrl + Alt + 1
Crtl + C
startx